MISI

Pelestarian & Perlindungan (Preservation) Mengamankan, merawat, dan melestarikan koleksi sarkofagus serta artefak purbakala lainnya di kawasan Pejeng dengan standar konservasi arkeologi terbaik.
Pusat Edukasi & Pembelajaran (Education) Menyelenggarakan program edukasi yang interaktif, kreatif, dan inklusif bagi pelajar, mahasiswa, dan masyarakat umum guna menumbuhkan rasa kebanggaan terhadap sejarah leluhur.
Penelitian & Pengembangan (Research) Memfasilitasi dan mendorong kegiatan penelitian arkeologi, antropologi, dan sejarah untuk mengungkap tabir kehidupan zaman prasejarah di Bali.
Pemberdayaan Masyarakat & Pariwisata Budaya (Community & Tourism) Mengintegrasikan keberadaan museum dengan potensi budaya desa adat Pejeng guna menciptakan destinasi wisata sejarah yang berkelanjutan dan berdampak positif bagi ekonomi lokal.
Digitalisasi & Inovasi (Innovation) Mengadopsi teknologi digital dalam pengelolaan museum, mulai dari pendokumentarian koleksi hingga penyajian informasi (seperti virtual tour atau arsip digital) agar dapat diakses secara global.